RStudio ServerをDockerで使うときのメモ

2021/8/30

0. はじめに

RとRStudioもDocker containerとして使えれば少しめんどくさかったインストール工程 (Ubuntu20.04にRとRStudioをインストールする) をやらなくても良いのではないだろうか，と考えた．

調べたところ，RockerというものでRStudio ServerをDockerで使えるらしい¹．

今回は備忘録として，Rockerを使ったときのメモを残すことにした．

1. 準備

最低限必要なことは，Docker Engineのインストールである．UbuntuへのDocker Engineのインストールは以前記事にした²．WindowsやMacについては他にも様々な記事があると思う．

2. 使い方

今回は，rocker/tidyverse を使う．おそらくrocker/verse なども同様の方法でできると思う．

まず，イメージファイルをローカルなマシンに落とす．これは，docker pull コマンドを用いればよい．

docker pull rocker/tidyverse

イメージファイルがあるかどうかは，次のコマンドで調べられる．

docker image ls | grep tidyverse

例えば，私のマシンで実行すると以下のように出力された．確かに rocker/tidyverse のイメージファイルがあることがわかる．

tcbn@tcbn-V530-15ICR:~$ docker image ls | grep tidyverse
rocker/tidyverse                                latest                  63d48e0c8338   9 days ago      2.41GB

イメージファイルがある状態で，以下のように docker run コマンドを実行すればバックグラウンドでRStudio Serverが立ち上がる．

docker run --rm -d -p 8787:8787 -e PASSWORD=[yourpasswordhere] -v [mountdir]:/home/rstudio rocker/tidyverse

ここで，それぞれのオプションは以下のようなものである．

--rm: コンテナの終了後にコンテナを削除する．
-d: 端末から切り離してバックグラウンドで実行する．

-p: ポートマッピングを設定する．

-p [port number (host)]:[port number (container)]

-e: 環境変数を設定する．

-v: ボリュームをマウントする．

-v [host directory]:[container directory]

このコマンドの実行後，http://localhost:8787/ にアクセスすればユーザ名とパスワードの入力画面が出てくる．そこで，ユーザ名に rstudio を入力し，パスワードに -e で指定したパスワードを入力する．

実際に私のマシンでやってみる．~/r_sample というディレクトリをマウントする．

tcbn@tcbn-V530-15ICR:~/r_sample$ ls
requirements.r  test.r
tcbn@tcbn-V530-15ICR:~/r_sample$ docker run --rm -d -p 8787:8787 -e PASSWORD=mypassword -v $(pwd):/home/rstudio rocker/tidyverse
83136d6a3c656386e74d14899e0ad55d4b10603ade1bad0dfe7dbde88e07e75c

この状態で，http://localhost:8787/ にアクセスすると，以下のようにユーザ名とパスワードの入力画面が出てくる．

fig1

ユーザ名に rstudio，パスワードに指定したパスワードを入力し，サインインすると，次のような画面になる．

fig2

先程見た~/rsample がマウントされていることがわかる．あとは必要なパッケージをインストールするなどしたら使えるようになる．

コンテナ内のRStudio Server側でrのソースコードを書き換えるとそれがマウントしたローカルなディレクトリにも反映される．

今起動しているDocker containerを docker ps コマンドで見ると，

tcbn@tcbn-V530-15ICR:~/r_sample$ docker ps
CONTAINER ID   IMAGE              COMMAND   CREATED         STATUS         PORTS                                       NAMES
83136d6a3c65   rocker/tidyverse   "/init"   7 minutes ago   Up 7 minutes   0.0.0.0:8787->8787/tcp, :::8787->8787/tcp   inspiring_nash

となっている．コンテナを docker stop コマンドで終了した後に docker ps -a コマンドでコンテナ一覧を見る．

tcbn@tcbn-V530-15ICR:~/r_sample$ docker stop inspiring_nash 
inspiring_nash
tcbn@tcbn-V530-15ICR:~/r_sample$ docker ps -a | grep tidyverse

--rm オプションで指定したとおり，終了後のコンテナが削除されている．

3. まとめ

今回は，RStudio ServerをDockerで使うときのやり方を簡単にまとめた．例えば，rocker/tidyverse をイメージファイルに指定してDockerfileを作り，使いやすい環境を作るといったこともできる．